PubMed

Baza PubMed: zaawansowane możliwości wyszukiwania  

SPIS TREŚCI

Krótka historia PubMed

Co znajdziesz w PubMed

Obsługiwanie wyszukiwarki

Zalet i wady bazy PubMed

Podsumowanie

Krótka historia PubMed

PubMed jest wyszukiwarką internetową, będącą nieocenioną pomocą dla naukowców National Center for Biotechnology Information (NCBI), które jest częścią National Library od Medicine, przynależnej do National Institutes od Health. Już te zinstytucjonalizowane przynależności wskazują zakres tematyczny danych udostępnianych w bazie – są to nauki biomedyczne i przyrodnicze.  Początkowo wyszukiwarka dawała dostęp do abstraktów z bazy MEDLINE. Od powstania  tej bazy w 1971 roku do 1997 roku możliwe było uzyskanie do niej dostępu wyłącznie za pośrednictwem bibliotek uniwersyteckich. PubMed, uruchomiony w 1996 roku i udostępniany nieodpłatnie od czerwca 1997 roku, „zapoczątkował erę prywatnego, bezpłatnego, domowego dostępu i biurowego wyszukiwania” do pełnych wersji artykułów – czytamy w materiałach opracowanych z okazji dziesięciolecia istnienia wyszukiwarki (całość dostępna tutaj).

Co znajdziesz w PubMed

W tym miejscu należy wyjaśnić, że PubMed jest projektem kompleksowym, obejmującym samą wyszukiwarkę (PubMed) oraz bazę pełnych wersji czasopism (PubMed Central).

Poza dostępem do pełnych wersji artykułów z bazy MEDLINE, PubMed umożliwia dostęp do innych czasopism, które zgłosiły akces do projektu, a także do internetowych wersji książek. Ponadto, wyszukiwarka wskazuje związane z wyszukiwanym zagadnieniem projekty NCBI. 

Zobaczmy, jak to wygląda ilościowo.

·    MEDLINE, będąca największą częścią PubMed, w kwietniu 2008 roku udostępniała 5 200 czasopism z ponad 80 krajów, obecnie obejmuje 29 milionów cytowań (wersji pełnych
i abstraktów).

·       PubMed ogółem w marcu 2013 roku udostępniał 2,6 mln artykułów, także tych
na serwisach ich wydawców.

Część artykułów dostępna jest od razu – w bieżącym numerze czasopisma, z którego pochodzi. Są jednak i tacy wydawcy, którzy swoje periodyki udostępniają z opóźnieniem w stosunku do ukazania się wersji papierowej – na ogół jest to sześć miesięcy.

Obsługiwanie wyszukiwarki

Przenieśmy się teraz do PubMed, by sprawdzić, jakie możliwości wyszukiwania daje ona naukowcom, korzystającym z jej możliwości.

Od razu po wejściu na stronę główną widać przejrzysty układ trzech kolumn z odnośnikami. Można uznać, że są one ułożone zgodnie z zachodnim modelem czytania, co przekłada się na logiczną gradację treści – od lewej mamy dział (1) poświęcony obsłudze wyszukiwarki, (2) dostępne w niej narzędzia oraz (3) pozostałe oferowane przez nią możliwości . Przyjrzyjmy się im po kolei.

(1) Obsługa wyszukiwarki (Using PubMed): na samej górze listy znajduje się instrukcja obsługi (Start Guide), dzięki której od razu możemy dowiedzieć się, jak wyszukiwać informacje na podstawie autora, tytułu czasopisma czy też pod względem ich typu (przeglądy, tematyka genetyczna). Treści na podstronie zostały ujęte w pytania, na które podawane są rzeczowe odpowiedzi. Części z nich została przygotowana w łatwej w odbiorze formie wizualnej – tutoriali. Dla przykładu zobaczmy wskazówki do podstawowego wyszukiwania w bazie.

Warto w tym miejscu dodać, że w 2009 roku wprowadzono nowy interfejs PubMed, sprzyjający wyszukiwaniu prostych formuł, podobnych do tych, które na co dzień wyszukujemy w popularnej wyszukiwarce Google. W podstawowych ustawieniach wyniki wyświetlane są od najnowszych, ale jest także możliwość zmiany ustawień na preferowane przez użytkownika, na przykład: autor/autorzy, tytuł, najlepsze dopasowanie, data publikacji, czasopismo.  

Podstrona Full Text Articles wyjaśnia, jak dostaniemy się do pełnych wersji artykułów w zbiorach PubMed Central lub na serwerach wydawców.

Sekcję tę uzupełniają podpowiedzi w formie FAQs (ang. Frequently Asked Questions), czyli zbioru najczęściej zadawanych pytań oraz dział, w którym zebrano wszystkie tutoriale (PubMed Tutorials). Na końcu znajduje się link do nowych i ważnych informacji (New and Noteworthy).

(2) Przejdźmy dalej. W drugiej kolumnie znajdują się narzędzia przydatne przy pracy
z wyszukiwarką PubMed.

Pierwszym z nich jest PubMed Mobile, czyli wersja wyszukiwarki dostosowana do urządzeń mobilnych – przejrzysta i przyjazna w użytkowaniu na małych ekranach.

Drugie to wyszukiwarka cytowań w bazie (Single Citation Matcher). Do wyszukiwania możemy wykorzystywać różne – dowolnie wybrane – parametry, jak: tytuł czasopisma, data, rocznik, tom, strony, autor (pierwszy, ostatni), słowa w tytule. 

Trzecie narzędzie (Batch Citation Matcher) pozwala na sprecyzowanie wyszukiwania poprzez identyfikatory PubMed lub PubMed Central.

Czwarte narzędzie umożliwia (Clinical Queries) wyszukiwanie na podstawie zapytań klinicznych – wystarczy wybrane zagadnienie, by uzyskać spisy artykułów podzielonych
na trzy kategorie: badania kliniczne w kategorii terapia lub w szerokim bądź wąskim odniesieniu, systematyczne przeglądy lub genetyka medyczna z wyszczególnieniem siedmiu parametrów lub z uwzględnieniem wszystkich.  

Piąte narzędzie skupia się na zapytaniach specyficznych dla tematu (Topic-Specific Queries). Wyróżniono tu, w postaci przejrzystej tabeli, 5 typów zapytań, 15 tematów, 6 specyficznych dla tematu zapytań i 3 kolekcje czasopism. W drugiej kolumnie znajdują się opisy tego, co można znaleźć w każdym dziale.

(3) W trzeciej kolumnie (More Resources) zgromadzono linki do „pobocznych” narzędzi przydatnych do obsługiwania PubMed. Są to:

• MeSH Database – to zbiór słownictwa wykorzystywanego do indeksowania artykułów o tematyce medycznej (ang. Medical Subject Headings) w National Library
  of Medicine (NLM), z którą skorelowana jest wyszukiwarka. 

W zakładce tej znajdziemy link do NLM, gdzie zamieszczono tutoriale wyjaśniające, jak poruszać się w poszczególnych kategoriach wyszukiwań.

• Jurnals in NCBI Databases – to z kolei katalog czasopism dostępnych w NLM i przechowywanych w bazach danych NCBI; wyszukiwanie na tym poziomie umożliwia zawężenie do czasopism, co do których odwołują się rekordy NCBI.

• Clinical Trials – jest bazą publicznych i prywatnych badań klinicznych prowadzonych w placówkach na całym świecie. Umożliwia wyszukanie konkretnych badań na podstawie ich podstawowych danych. 
  
  
  
  
  • E-Utilities (API) – czyli E-narzędzia –  tu znajdziemy instrukcje obsługi dziewięciu programów zapewniających stabilność interfejsu zapytań i wyszukiwań na stornie PubMed. Są one interfejsem systemu Entrez, na który składa się obecnie 38 baz danych biomedycznych z zasobów NCBI, obejmujących: sekwencje nukleotydów
    i białek, zapisy genów, trójwymiarowe struktury molekularne oraz związaną z tymi zagadnieniami literaturę.
  
  
  • LinkOut – to z kolei usługa umożliwiająca bezpośrednie połączenie baz PubMed
    z bazami NCBI, by ułatwić przeszukiwanie zasobów online w celu poszerzania, uzupełniania informacji. Jej częścią jest linkowanie do pełnotekstowych artykułów, całych czasopism i książek na serwerach ich wydawców, a także samych autorów,
    jak i instytucji, które udostępniają wersje elektroniczne. 
    
    
    
    

Pod trzema głównymi, stałymi działami znajdziemy jeszcze działy „ruchome”, systematycznie aktualizowane. Są to najnowsza literatura (Latest Literature) oraz najpopularniejsze artykuły (Trending Articles). To ciekawa opcja, która pozwala już 

na wstępie zorientować się w tym, co dzieje się w czasopiśmiennictwie medycznym.

Na dole strony znajduje się jeszcze uporządkowana tematycznie stopka, której zaletą jest umożliwienie szybkiego nawigowania w obrębie strony.

Na zakończenie tej części warto wspomnieć, że PubMed pozwala na korzystanie z narzędzia My NCBI, które zapewnia:

·         zapisywanie wyników swoich wyszukiwań,

·         filtrowanie wyszukiwań,·         konfigurowanie zautomatyzowanych aktualizacji z własną e-pocztą,

·         zapisywanie wyszukanych odniesień,

·         konfigurowanie sposobu wyświetlania i wyróżniania wyszukiwanych haseł.

Dostęp do Mojego NCBI można uzyskać z dowolnego komputera z dostępem do sieci.

Zalet i wady wyszukiwarki PubMed

PubMed z pewnością nie jest wyszukiwarką doskonałą, ale tylko dlatego, że takie nie istnieją. Wśród wyszukiwarek medycznych jest z pewnością jedną z najlepiej zorganizowanych i łatwiejszych w nawigowaniu. Można powiedzieć, że jej twórcy zrobili wszystko, by była ona przyjazna dla swoich użytkowników. Ogromną zaletą wyszukiwarki jest zbiór tutoriali, które świetnie sprawdzają się jako intuicyjne przewodniki do naśladowania, co skraca czas opanowywania praktycznych możliwości eksploatowania różnych obszarów wyszukiwań.

PubMed jest wyszukiwarką anglojęzyczną i byłaby to jej jedyna wada, gdyby nie fakt, że dziś „medycyna angielszczyzną stoi” i nie ma w zasadzie alternatywnej drogi zapanowania się ze światową literaturą z tego zakresu. Najbardziej prestiżowe czasopisma medyczne wydawane są w języku angielskim, co sprzyja transferowi wiedzy. Na nic więc nie przydałyby się narodowe wersje wyszukiwarki, kiedy artykuły i tak czytać trzeba w języku angielskim.  

Podsumowanie

Tak kompleksowo zaprojektowane wyszukiwarki jak PubMed są nieodzownym narzędziem dla naukowców, niezależnie od miejsca na świecie, w którym pracują. Badania Kristin Antelman pokazują, że dostępne nieodpłatnie online publikacje mają większy wpływ badawczy – w ciągu półrocza po publikacji pobierane są niemal dwukrotnie częściej niż ich wersje odpłatne (badania dostępne tutaj). Wydaje się więc, przyszłość naukowego publikowania rozpościera się w Internecie. PubMed tę przyszłość współtworzy.

Opracowała: Edyta Saniewska

https://mojpubmed.blogspot.com/